История становления заповедника «Бастак» как особо охраняемой природной территории начинается с 1981 г., когда местными органами власти на территории восточной части Облученского района Еврейской автономной области (ЕАО), входившей в состав Хабаровского края, был организован Бастакский ботанический заказник площадью 45,7 тыс. га лесных угодий.

Решением Хабаровского крайисполкома заказник получил данный статус без ограничения срока действия. Через год решением исполнительного комитета Хабаровского краевого Совета народных депутатов от 24.09.82 г. № 597 практически на этой же территории на площади 42 тыс. га был учреждён новый комплексный охотничий заказник краевого значения «Бастак». Название заказник получил от протекающей на го территории р. Бастак. В задачи заказника входили охрана и воспроизводство ценных промысловых видов зверей и птиц.

Работа по созданию заповедника началась в 1993 г. По приглашению администрации ЕАО прибыла экспедиция государственного предприятия «Природа России» под руководством З.У. Танкачеева. Целью экспедиции являлись проведение биолого-экономического обследования и подготовка научного обоснования необходимости создания особо охраняемой природной территории (ООПТ) высшего ранга на территории области. На основании работ, выполненных «Природой России», в 1994 г. был разработан и утверждён Министерством экологии и природных ресурсов Российской Федерации «Проект организации государственного природного заповедника “Бастак”» в Еврейской автономной области» общей площадью 42 тыс. га.

В апреле 1994 г. распоряжением Правительства РФ предложение по организации государственного природного заповедника (ГПЗ) «Бастак» получило одобрение, но до 1996 г. действенных мер по организации заповедника предпринято не было.

После выхода постановления Правительства РФ от 8 июня 1996 г. № 633 «О государственной поддержке социально-экономического развития Еврейской автономной области в 1996–2000 гг.» вопрос о создании заповедника благодаря поддержке администрации области получил дальнейшее развитие, но впоследствии потребовались новые согласования. Все они, в том числе и от Управления лесами ЕАО, были получены в 1996 г., подготовлены с учетом расширения территории проектируемого заповедника и представлены в областную администрацию. Фактически ставился вопрос о передаче территории Раздольненского лесничества Биробиджанского лесхоза будущему заповеднику. Главой администрации ЕАО Н.М. Волковым было принято решение о том, чтобы совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти, главами администраций Облученского и Биробиджанского районов подготовить в четвёртом квартале 1996 г. предложения о создании в 1997 г. государственного природного заповедника «Бастак» и направить их в Правительство РФ.

28 января 1997 г. Правительство Российской Федерации приняло постановление № 96 «О создании государственного природного заповедника “Бастак”» на площади 91 038 га в границах Раздольненского лесничества Биробиджанского лесхоза. Название заповедник получил от заказника. Госкомэкологии России 06.05.1997 г. утвердил Временное положение о государственном природном заповеднике «Бастак». Руководство вновь созданным заповедником было поручено Комитету по охране окружающей природной среды и природным ресурсам ЕАО совместно с заинтересованными федеральными органами исполнительной власти.

Начало действительной работы заповедника, как самостоятельной организации со штатом сотрудников относится к 1998 г. Приказом Государственного комитета РФ по охране окружающей среды № 25-к от 06.02.1998 г. директором ГПЗ «Бастак» назначен А.Ю. Калинин, а с апреля 1998 г. определено бюджетное финансирование заповедника и начал формироваться его штат. Контора заповедника была расположена в областном центре – г. Биробиджане. С момента создания дирекции заповедника «Бастак» первоочередным был вопрос о его границах. При передаче заповеднику государственного лесного фонда в границах Раздольненского лесничества Биробиджанского лесхоза его площадь составляла 91 121 га, по сравнению с определенной постановлением Правительства РФ площадью 91 038 га. Заповедник был создан на территории, измененной хозяйственной деятельностью, с частично производными экосистемами. Непосредственно на заповедной территории располагались производственные объекты, в том числе экологически опасные. По периферии заповедника сложилась тяжелая пирогенная обстановка, приводящая к изменению и обеднению растительного покрова. Дирекцией была проведена большая работа по уточнению расположения южных границ заповедника «Бастак». В результате площадь заповедной территории увеличена на 733 га, границы удалены от пос. Кирга. Выведены из состава земель заповедника воинское стрельбище, строящаяся федеральная трасса Чита–Находка, линия оптико-волоконной связи.

По итогам работ дирекцией внесены предложения в правительства ЕАО и Хабаровского края о необходимости создания охранной зоны по периметру заповедника. Предложены параметры и проекты положений об охранных зонах на территориях субъектов РФ.

Предложения и рекомендации были поддержаны, и охранная зона по периметру заповедника установлена постановлениями губернатора ЕАО от 15.01.2001 г. № 16 на площади 15 390 га и губернатора Хабаровского края от 19.03.2002 г. № 148 – 11 160 га. Таким образом, общая площадь охранной зоны заповедника составляет 26 550 га.

 28 июля 2006 года Межведомственный экологический совет поддержал предложение заповедника о создании кластерного участка на территории Смидовичского района в границах областного государственного биологического заказника «Забеловский». Решение Совета было поддержано вице-губернатором Г.А. Антоновым, который принял активное участие в скорейшем решении данного вопроса. Инициатива заповедника нашла поддержку в лице Н.М. Волкова, занимавшего в то время пост губернатора области. Позднее создание кластерного участка также поддержал нынешний глава автономии – А.А. Винников.

При финансовой поддержке Амурского филиала Всемирного фонда дикой природы в 2006 году были начаты работы по созданию кластерного участка на территории Смидовичского района. 21 апреля 2011 года было подписано Постановление Правительства РФ № 302 «О расширении территории государственного природного заповедника «Бастак». Территория заповедника увеличилась до 127 тыс.га за счет отнесения к его территории земель лесного фонда площадью 35323,5 гектара в Смидовичском муниципальном районе Еврейской автономной области.