В настоящее время сотрудниками заповедника проводятся исследования по следующим направлениям:

1. Динамика сезонных явлений и процессов в природном комплексе заповедника;
2. Состав, структура и динамика лесной растительности заповедника «Бастак»;
3. Исследования миграционных и демографических процессов орнитологического комплекса заповедника «Бастак»;
4. Проведение комплексных мониторинговых работ за состоянием редких видов флоры заповедника «Бастак»;
5. Проведение комплексных мониторинговых работ за состоянием редких видов фауны заповедника «Бастак»;
6. Сезонная динамика растений заповедника «Бастак»;
7. Гидрологическая характеристика заповедника «Бастак»;
8. Продуктивность растительных сообществ заповедника «Бастак»;
9. Научные основы развития экологического туризма на территории заповедника «Бастак».